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戰鬥系統

在進行戰鬥的過程中，玩家隊伍的八名夥伴將分為前列與後列，前列的四名夥伴將是預計會在戰場上進行戰鬥的夥伴，玩家可挑選隊伍中最有利當前戰鬥的隊員放於前列。至於後列夥伴則為戰鬥中隨時遞補、更換的預備隊。

　

隊伍系統

在征戰冒險的旅途中，玩家將會遇上十一名共同患難的夥伴，但因為隊伍最多僅能容納八名夥伴，因此玩家可利用壺中仙境中的「仙境小庵」，視夥伴的特殊能力以及任務的需求，更換隊伍中的夥伴。

個性與氣勢

延續前作《軒轅劍伍》多元化的個性氣勢系統，玩家的夥伴將有各自不同的「個性」。不同的個性，將影響該名夥伴在戰鬥中會有不同的反應。但在《軒轅劍外傳-漢之雲》中，氣勢變化分段將更為簡單、清楚，而個性反應變化也揚棄了「壞反應」，只保留新增的「好反應」。

收化

「收化」能夠將戰鬥中遇上的敵人收入煉妖壺內，唯有煉妖壺的擁有者，亦即本次故事的第一女主角－－橫艾，才能擁有這項能力。遊戲中可收化的神魔妖怪多達一百多種，每種神魔妖怪都有其各不相同的能力與效用，但並非所有敵人都能順利的收伏，煉妖壺將依玩家的等級而限定，因此在收伏前還是必須先評估自己的實力喔！

　

護駕

「護駕」同樣是歷代《軒轅劍》中，廣獲玩家好評的戰鬥功能，在本作中將再度回歸！玩家可將遊戲中利用『煉妖壺』收伏的神魔妖怪，於戰鬥中招喚出，以強大神祕的後援力量協助玩家突破重圍！